NCBI

工具概述

信息来源：生物谷

更新时间：

2003-10-12 2:35:00 

数据检索

- 

文本搜索

·

Entrez

 - 

对

GenBank, EMBL, DDBJ, PIR-International, PRF, Swiss-Prot, and PDB

数据库中的核酸和蛋白，包括了来自

>70000

个物种的序列序列数据提供整合的访问，同时提供对

3D

蛋白结构，

基因组

图谱信息和

PubMed MEDLINE 

的访问。

Entrez

包含

了对每个数据库记录的预先计算好的相似搜索，产生一个相关序列，结构，和

MEDLINE 

记录的表。

Entrez

可以用很广泛的文

本方式来搜索，

比如作者名字，

杂志名字，

基因或蛋白名字，

物种，

唯一的标号

（如：

accession number

，

序列

ID

，

PubMed ID

，

MEDLINE UID

），和其他的术语，根据被搜索的数据库来确定。使用新的

Linkout

服务，外部资源可以被链接到

Entrez

纪录。

·

批量

Entrez

 - 

允许你用一批的方式来用

Entrez

检索大量的核酸或蛋白序列，并把他们保存在你计算机的磁盘上。有三种方法

来提交一个查询：

1

）输入一个含有

GI

或

accession number

列表的文件，

2

）指定一个物种名字或更高的分类来检索那个类的所有序列。

3

）输入一个

Entrez

搜索查询。搜索结果将被直接保存到你的计算机上。

·

查询

E-Mail

服务器

·

网络

Entrez

 - 

一个

WWW Entrez

基于

TCP/IP

的客户

-

服务器版本。直接通过

Internet 

来连接

NCBI 

的数据库来检索数据。

数据以二进制的方式来传输，减少网络传输的带宽要求。有

PC

，

Mac

，

Unix

，版本的客户软件。

·

 dbEST, dbGSS, dbSTS

搜索页面

-EST, GSS, 

和

STS

序列可以从两种方法获得：

GenBank

（通过

Entrez

）的

EST/GSS/STS

部

分，

和分开的但相关的数据库

dbEST/dbGSS/dbSTS

。

两种来源的序列和

accession number 

是一致的，

但是纪录的格式不一样，

dbEST/dbGSS/dbSTS 

纪录包括了一些基于

BLAST

搜索结果增加的注解，包括上至

15

最佳匹配的核酸和蛋白。

dbEST, dbSTS, 

dbGSS

搜索页面还允许用克隆号码来搜索。

·

引用匹配

- 

允许你找到任何一篇在

PubMed 

数据库中的文章的

PubMed ID 

或

MEDLINE UID

，给出书目信息（杂志，卷，

页码等）。

·

单篇文章的引用匹配。

·

许多文章的批量引用匹配。

序列相似搜索

·

BLAST

主页

- 

访问

BLAST 

程序，概要，帮助文件，和

FAQs

。

·

Gapped BLAST 

（

2.0

）

- 

一种

BLAST

版本，允许在它产生的对齐（

alignments

）中存在缺口。统计有效性的评估是基于使用

随机序列的优先模拟。在不久的将来，所有对

Gapped BLAST 

的访问都要通过

QBLAST

。

·

QBLAST

 - 

一种新的系统，允许用户以他们方便的方式检索

Gapped BLAST 

结果，并且可以用各种格式选项多次格式化他们

的结果。

这个系统也使

NCBI

更有效的使用计算资源，

更好的为大家服务。

到

1999

年秋季，

QBLAST 

系统用于所有的

BLAST 

搜

索。